تفاوت میان قزل‌آلای رنگین‌کمان و قزل‌آلای خال‌قرمز (قزل‌آلای بومی) در چند جنبه‌ی کلیدی خلاصه می‌شود که شامل ظاهر، زیستگاه، رفتار و منشا ژنتیکی آن‌ها است. در ادامه تفاوت‌ها را دسته‌بندی می‌کنم:

 ۱. ظاهر (مورفولوژی)
ویژگی قزل‌آلای رنگین‌کمان قزل‌آلای خال‌قرمزرنگ بدن نوار صورتی یا ارغوانی در پهلوها، پشت سبز-زیتونی پشت تیره با پهلوهای طلایی و شکم نقره‌ای خال‌هادارای خال‌های سیاه روی تمام بدن، به‌ویژه روی دمدارای خال‌های قرمز و مشکی، خال‌های قرمز معمولاً در اطراف حلقه‌های روشن اندازهم عمولاً بزرگ‌تر در شرایط پرورشی معمولاً کوچک‌تر و باریک‌تر در طبیعت

 ۲. زیستگاه طبیعی
ویژگی قزل‌آلای رنگین‌کمان قزل‌آلای خال‌ قرمززیستگاه اصلی بومی آمریکای شمالی (سواحل اقیانوس آرام)بومی ایران، ترکیه، قفقاز و نواحی اروپای شرقی سازگاری مقاوم‌تر در برابر شرایط مختلف، قابلیت پرورش بالاحساس‌تر به آلودگی و تغییرات دما، شاخص سلامت محیط

 ۳. منشأ و کاربردها
ویژگی قزل‌آلای رنگین‌کمان قزل‌آلای خال‌ قرمزمنشا ژنتیکی وارداتی و پرورشی بومی ایران مصارف اقتصادی گونه‌ی اصلی پرورش ماهی در ایران کمتر برای پرورش؛ ارزش بوم‌شناسی و بومی بالاترسرعت رشدبالا، مناسب برای بازاررشد کندتر

 ۴. نقش در محیط زیست و نگرانی‌ها
قزل‌آلای رنگین‌کمان گاهی با رهاسازی در رودخانه‌ها باعث رقابت یا حذف گونه‌های بومی مانند خال‌قرمز می‌شود.
قزل‌آلای خال‌قرمز به عنوان شاخص کیفیت آب و محیط زیست شناخته می‌شود و نقش مهمی در حفظ تنوع زیستی دارد.
 نتیجه‌گیری
جمع‌بندی اگر هدف پرورش و بهره‌برداری اقتصادی باشد، قزل‌آلای رنگین‌کمان مناسب‌تر است. اما اگر هدف حفاظت از تنوع زیستی و اکوسیستم‌های طبیعی باشد، قزل‌آلای خال‌قرمز ارزشمندتر است.